『自然家庭計劃』是協會自創立以來的主要服務之一，亦是澳門社區內唯一以自然方法指導生育計劃的機構。協會秉承天主教會尊重生命及視生命為恩賜的理念，讓夫婦學習在彼此尊重、溝通和合作的情況下安排行房的時間，以及負責任地決定子女的數目和生育之間相隔的時間。而在學習過程中，女性除了更加明白自己的生理週期變化外，亦能加深了解婦科健康狀況，以便及早發現問題及進行治療，達致婦女保健的效果。

為推廣『自然家庭計劃』服務，本會將不定期舉行社區及媒體推廣宣傳，好讓更多人能認識及了解這個既安全、科學、環保，而且可增進夫婦感情的計劃生育方法。

現時，本會主要教授以下一種自然家庭計劃方法：